PayPayのオンライン決済とは？手数料や導入するメリット・デメリットを解説
公開日：2026年03月03日
更新日：2026年03月03日
国内の決済手段において、圧倒的なシェアと認知度を誇る「PayPay（ペイペイ）」。2025年12月時点のユーザー数は7,200万人に達し、集客や売上アップを目指すEC事業者様にとって重要な決済手段の一つとなっています。
しかし、「導入すると具体的にどれくらいの手数料がかかるのか」「直接契約と決済代行経由ではどちらが得なのか」といった疑問をお持ちのEC事業者様も少なくありません。
本記事では、PayPayの基本的な仕組みやEC事業者様側・顧客側それぞれのメリット・デメリットを詳しく解説。さらに、具体的な導入方法や手数料についても解説します。
これからPayPayの導入を検討されているEC事業者様はもちろん、レジ周りの運用を見直して売上拡大を目指す店舗様も、ぜひ参考にしてください。
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［目次］
- PayPayとは
PayPayの利用者数 - PayPayのオンライン決済とは
PayPayでオンライン決済する流れ - PayPayオンライン決済のメリット
【EC事業者様側】PayPayオンライン決済のメリット
【顧客側】PayPayオンライン決済のメリット - PayPayオンライン決済のデメリット・注意点
【EC事業者様側】PayPayオンライン決済のデメリット・注意点
【顧客側】PayPayオンライン決済のデメリット・注意点 - PayPayオンライン決済の導入について
PayPayの導入方法
PayPayの導入費用・手数料 - PayPayを導入する際のポイント
決済代行サービスを選ぶ際のポイント - PayPayを店舗で導入するには
店舗でのPayPayの決済方法
店舗がPayPayを導入するメリット
店舗がPayPayを導入するデメリット・注意点 - PayPayのオンライン決済の導入はSP.LINKSにご相談ください
- まとめ
- PayPayとは
PayPayとは
PayPayは、ソフトバンク株式会社とヤフー株式会社（現：LINEヤフー株式会社）が共同出資して設立したPayPay株式会社が提供するキャッシュレス決済サービスです。
「100億円あげちゃうキャンペーン」等のような大規模な還元施策により急速に利用者を拡大し、現在では日本のQRコード決済市場において圧倒的なシェアと認知度を誇っています。
また、スマートフォン一つで支払や個人間送金ができる手軽さが特徴です。ネットショッピングはもちろん、公共料金の支払等、日常生活の様々な場面で幅広く活用されています。
PayPayのオンライン決済とは
PayPayのオンライン決済は、ECサイトやアプリの支払画面でPayPayを選択すると、PayPayアプリに遷移し、そのまま決済を完了できる仕組みです。
クレジットカード番号を入力する必要がなく、PayPay残高やポイントを使ってスムーズに支払えるため、購入手続の負担を軽減できます。
その結果、カゴ落ちの防止や購入率の向上（CVR改善）にもつながります。EC事業者様にとって、導入メリットの大きい決済方法といえるでしょう。
PayPayでオンライン決済する流れ
PayPayのオンライン決済は、スマートフォンとパソコンで手順が異なります。それぞれの操作方法は以下のとおりです。
スマホでPayPay決済する流れ
- ECサイトの購入画面でPayPay決済を選択する
- PayPayアプリが起動する
- 案内に従って支払ボタンを押して完了
パソコンでPayPay決済する流れ
- ECサイトの購入画面でPayPay決済を選択する
- 表示されるQRコードをスマホのPayPayアプリから読み込む
- 案内に従って支払ボタンを押して完了
事前にPayPayアプリへログインしておくと、決済手続がよりスムーズでしょう。特にパソコン利用時は、QRコードを読み取るためのスマートフォンを手元に用意しておくと安心です。
PayPayオンライン決済のメリット
ここからは、PayPayを導入することで得られるメリットについて、EC事業者様と顧客それぞれの視点から詳しく解説します。
【EC事業者様側】PayPayオンライン決済のメリット
EC事業者様がPayPayを導入すると、以下のようなメリットがあります。
- 多くの顧客のニーズに応えられる
日常的にPayPayを利用している7,200万人のユーザーにとって、PayPay対応の有無はECサイト選びの重要な判断基準の一つです。対応しておくことで、クレジットカードを持っていない層の購入機会の取りこぼしを防げます。 - 不正利用に伴う補償がある
PayPayには、被害額を全額補償する制度が用意されています。第三者による不正利用が発生した場合でも、安心して導入しやすい環境が整っています。 - カゴ落ち防止につながる
クレジットカード番号の入力や会員登録の手間が不要なため、決済までの操作がスムーズです。その結果、購入途中での離脱を防ぎやすくなります。 - キャンペーンの恩恵を受けられる
PayPayはポイント還元等の大型キャンペーンを定期的に実施しています。キャンペーン期間中はPayPayを主な決済手段として選ぶユーザーが増え、購入点数や売上アップにもつながるでしょう。
このように、PayPayのオンライン決済は集客力の強化から決済の安全性、売上向上まで幅広い効果が期待できるといえます。
（※）PayPayでの決済において、悪意ある者による不正取引が行われた場合に、原則として加盟店に取引金額の全額を入金してもらえる制度。また、不正利用による被害に遭われた方などへの補償が発生した場合はPayPayが負担し、加盟店が負担を負うことはない。ただし、加盟店側に故意または重大な過失などがあった場合は、入金されない場合や負担を求められる場合がある。
【顧客側】PayPayオンライン決済のメリット
PayPayオンライン決済は、手軽さだけでなく、お得さや安心感の面でも多くの利用者に支持されています。顧客側にとっての主なメリットは、以下のとおりです。
- ポイントが貯まる・使える
利用金額に応じてPayPayポイントが付与され、貯まったポイントは1ポイント＝1円として支払に利用できます。有効期限がないため（※）、急いで使う必要がなく、自分のペースで活用できる点も魅力です。 - 専用のクーポンが利用できる
PayPayアプリ内では、ECサイト毎のクーポンが配信されることもあります。決済前に取得することで、通常よりもお得に買い物ができる機会が広がります。 - 利用者向けの不正利用に伴う補償もある
万が一、不正利用の被害に遭った場合でも、PayPayには利用者向けの全額補償制度も整っています。セキュリティ面での不安を感じにくく、安心して継続利用できる点もメリットです。
このように、PayPayオンライン決済は利便性・お得さ・安全性のバランスに優れているため、顧客にとっても使いやすい決済手段といえるでしょう。
出典：
（※）期間限定ポイントを除く
PayPayオンライン決済のデメリット・注意点
利便性の高いPayPayですが、デジタル決済ならではのデメリットや注意点も存在します。導入前に想定されるリスクを把握し、適切な対策を講じておくことが重要です。
【EC事業者様側】PayPayオンライン決済のデメリット・注意点
EC事業者様がPayPayオンライン決済を導入する際は、以下の点に注意が必要です。
- PayPayだけの導入では不十分
PayPay利用者のニーズには対応できるものの、すべての顧客が同じ決済手段を好むわけではありません。クレジットカード決済やキャリア決済、コンビニ決済、銀行振込・口座振替等、複数の決済方法を併用することで、より使いやすいECサイトにつながります。 - 売上が入金されるまで時間がかかる
現金決済とは異なり、PayPayでは売上が即時に入金されるわけではありません。入金までの期間は、直接契約や決済代行サービス経由等の契約ルートによって異なるため、資金繰りへの影響がないか事前に確認しておくことが重要です。
これらのポイントを踏まえたうえで導入すると、PayPayオンライン決済のメリットを活かしながら、リスクを抑えた運用が可能です。
【顧客側】PayPayオンライン決済のデメリット・注意点
PayPayオンライン決済は、スマートフォンでの支払に慣れている方にとっては、基本的に使いやすい決済方法といえます。ただし、パソコンから決済を行う場合は、QRコードを読み取るためにスマートフォンを別途用意する必要があり、パソコン操作に慣れている方にとっては手間に感じることもあるでしょう。
一方で、日頃からスマートフォンを使ってオンライン決済をしている方であれば、特に不便さを感じることなく、スムーズに利用できます。利用環境や決済スタイルによって利便性の感じ方が異なる点には注意が必要です。
PayPayオンライン決済の導入について
PayPayのオンライン決済をECサイトに導入する際は、「どのルートで申し込むか」が、その後の運用のしやすさや管理効率に大きく影響します。
ここでは、PayPayオンライン決済の主な導入方法と費用について詳しく解説しますので、ぜひ参考にしてください。
PayPayオンライン決済の導入方法
PayPayオンライン決済の導入方法には、「直接契約」と「決済代行会社の利用」の2つがあります。どちらを選ぶかによって、導入スピードや運用負担が異なるため、それぞれの特徴を理解しておくことが重要です。
直接契約
直接契約とは、PayPay株式会社と加盟店契約を結び、PayPayオンライン決済を単体で導入する方法です。PayPayオンライン決済をスピーディーに導入したいEC事業者様にとって、有力な選択肢といえます。
一方で、PayPay以外にも楽天ペイやd払い等複数の決済サービスも導入したい場合は、決済事業者毎に直接契約を結び、個別にシステム連携を行う必要があります。そのため、決済サービスが増えるほど経理や運用の手間が増えやすい点には注意しましょう。
決済代行経由
決済代行経由とは、SP.LINKSのような決済代行会社を通じてPayPayオンライン決済を申し込む方法です。この方法では、PayPayだけでなく、楽天ペイ・d払い等のオンラインID決済サービスや他の決済手段（クレジットカード決済・キャリア決済・コンビニ決済・電子マネー等）もまとめて契約・導入できます。
大きなメリットは、売上や決済システムを一本化できる点です。複数の決済手段を個別に管理する必要がなくなるため、経理業務や運用の負担を大幅に軽減できます。
PayPayオンライン決済の導入費用・手数料
導入費用や手数料についても、事前に理解しておきましょう。
ここでは、PayPayと直接契約する際にかかる導入費用と決済手数料について、詳しく紹介していきます。
初期費用
PayPayのオンライン決済は、導入時に初期費用がかかりません。システム導入や登録に関するコストを抑えられるため、EC事業者様でも気軽に導入しやすい点が特徴です。
キャッシュレス対応を検討している場合は、早めに導入しておくと販売機会の拡大につなげやすくなります。
PayPayオンライン決済を導入する際のポイント
導入する際は、以下のポイントを意識しましょう。
- 取り扱っている商品がPayPayに対応できるか確認する
商品券や回数券等、一部の商材や法律で禁止されているサービスは、PayPayでの決済が制限・停止される場合があります。導入前に、販売予定の商品やサービスが利用条件に適合しているかを確認しておきましょう。 - 決済代行会社を利用する
PayPayを含む複数の決済手段を一括で導入・管理できるため、経理業務や運用の負担を大幅に軽減できます。入金管理や決済システム、システムトラブル発生時の問い合わせ窓口を一本化できる点も大きなメリットです。
決済代行会社を選ぶ際のポイント
決済代行サービスは、一度導入すると長期的な運用になることが多いため、慎重な選定が欠かせません。ビジネスモデルに合ったパートナーを見つけるために、以下のポイントを意識しておきましょう。
- 豊富な決済手段が揃っているか
PayPayだけでなく楽天ペイ・d払い等の決済サービスや、クレジットカード決済・キャリア決済等の主要な決済手段。加えて、インバウンド需要に対する店舗決済向けのAlipayや、越境EC向けのpaypal等の決済サービスを導入できるかも確認しましょう。また、ターゲットに合った決済手段が揃っているかも同時に確認しておくと安心です。 - 料金や入金サイクル等は使いやすいか
決済手数料の料率に加え、入金回数（月1回・月2回以上）や振込手数料の有無等が、自社の資金繰りに適しているかも重要な判断材料です。 - サポートは充実しているか
決済エラーやシステムトラブルが発生した際に、電話や問い合わせフォーム等で迅速に対応してもらえるかどうかも確認しておくと安心です。 - セキュリティ対策は十分か
オンライン決済では顧客の個人情報等の漏えいリスクがつきまとうため、セキュリティ対策が十分な決済代行会社かどうかも重要なポイントです。クレジットカード情報保護の国際基準である「PCI DSS」や、情報セキュリティマネジメントシステム（ISMS）の国際規格である「JIS Q 27001（ISO/IEC27001）」の認証取得や「プライバシーマーク」を取得しているかをチェックしましょう。
決済代行サービスは、業種や規模によって重視すべきポイントが異なります。まずは現状の課題を整理したうえで、複数のサービスを比較検討し、トータルコストや利便性を見極めることが大切です。
PayPayを店舗で導入するには
ここでは、各QRコード決済方法の特徴やメリット、事前に把握しておくべきデメリットを解説します。
店舗でのPayPayの決済方法
実店舗でPayPay決済を導入する際は、店舗の規模やレジの運用形態に合わせて、以下の2つの方式から選択します。
- ストアスキャン方式（CPM）
利用者がスマートフォンに表示したバーコードを、店舗側のPOSレジやバーコードリーダーで読み取る方式です。 金額がレジと連動して自動入力されるため、会計スピードが非常に速く、打ち間違いによるトラブルを防げるメリットがあります。 - ユーザースキャン方式（MPM）
店舗側が掲示したQRコードを、利用者がアプリやスマホカメラで読み取って金額を入力する方式です。 導入コスト等抑えられることに加え、出張型の営業形態にも対応できるメリットがあります。
レジの回転率や予算、既存のシステム環境を考慮して方式を選択してみましょう。スピード重視ならストアスキャン、手軽さならユーザースキャンが推奨されます。実際の運用シーンを想像して選ぶことが大切です。
店舗がPayPayを導入するメリット
店舗がPayPayを導入するメリットは、主に以下の通りです。
- 新規顧客の獲得にもつながる
PayPayアプリ内の「近くのお店」機能に店舗情報が表示されるため、周辺エリアのユーザーに対して無料で認知を広げられます。さらに、PayPayが実施する大型還元キャンペーンの対象店舗となれば、来店動機の創出や送客効果の向上も期待できるでしょう。 - 出張型の業務形態でも対応できる
スマートフォンやタブレット、または印刷したQRコードがあれば決済が可能なため、専用のレジ設備や電源がなくてもキャッシュレス対応が可能です。移動販売車や訪問型サービス、屋外イベント等、様々な業態で柔軟に活用できます。
このように、PayPayは実店舗の集客支援から多様な販売形態への対応まで、幅広く活用できる決済手段といえるでしょう。
店舗がPayPayを導入するデメリット・注意点
PayPayは利便性の高い決済手段ですが、店舗で導入する際には事前に把握しておくべき注意点もあります。安定した運用を行うためにも、以下のポイントを確認しておきましょう。
- システムに問題が起きると一時的に決済が利用できなくなる
PayPay側のシステムトラブルや、通信キャリアの大規模障害が発生した場合、一時的に決済が利用できなくなることがあります。万が一に備え、現金払いや他のキャッシュレス決済を併用できる体制を整えておくことが望まれます。 - 売上が入金されるまで時間がかかる
現金決済とは異なり、PayPayでは売上が即時に入金されるわけではありません。入金サイクルは契約内容や利用する金融機関によって異なるため、資金繰りへの影響がないか事前に確認しておく必要があります。
なお、店舗（QRコード決済）の場合も直接契約と決済代行会社経由の2つの方法から、PayPayを導入することになります。前述したように、PayPay以外の決済手段を一括で網羅するためにも、決済代行会社を利用することがおすすめです。
PayPayの導入はSP.LINKSにご相談ください
「SP.LINKS」は、決済代行サービスのパイオニアとして、サービス開始以来30年にわたり知見と信頼を積み重ねてきた決済代行会社です。
店舗規模を問わず、小さなお店から大規模なECサイトまで幅広く対応しています。また、豊富な知見を活かし、複数の決済手段（クレジットカード決済、QRコード決済、電子マネー決済、オンラインID決済、キャリア決済、コンビニ決済・口座振替等）を総合的にサポートする体制が整っており、多様化する消費者ニーズにも柔軟に対応できることが魅力です。
さらに、セキュリティ面も万全で、クレジットカード情報保護の国際的なセキュリティ基準である「PCI DSS」に準拠するとともに、JIS Q 27001（ISO/IEC27001）の認証基準に基づき、全社・全業務についてISMS適合性評価制度の認証を取得。また、プライバシーマークの取得によって個人情報保護体制も整備されており、安心して決済を任せられる環境が整っています。
まとめ
PayPayは、キャッシュレス決済が当たり前となった現在において、EC・店舗事業の集客力と売上を高めるために欠かせない決済手段の一つです。導入により、PayPayユーザーをスムーズに取り込み、購入離脱の防止や満足度の向上が期待できます。
さらに、決済代行会社を利用すれば、PayPayを含む多様な決済手段を一元管理でき、運用効率やセキュリティ面も強化できます。安定した決済環境の構築は、今後のEC・店舗運営において重要な要素といえるでしょう。
PayPayの導入をご検討中の事業者様は、ぜひSP.LINKSへご相談ください。PayPayをはじめとする各種オンラインID決済・QRコード決済はもちろん、幅広い決済手段の中から、事業内容や運用体制に合わせた最適な決済環境をご提案します。
